美国军舰擅自进入中国西沙领海航行，不仅危及航行安全，而且违反国际法和中国法律，损害了领海无害通过制度。领海无害通过制度，不仅涉及领海制度、国际海峡通过制度，也关联领海通过的要件与无害通过要件之间的关系，更涉及针对领海内军舰无害通过的认定标准的“结合说”和“分离说”。军舰在领海内的无害通过制度是一个在理论和实践上颇有争议的问题。军舰在领海内的无害通过的争议焦点为：其是必须事先通知沿海国或得到沿海国的事先许可，还是可以自由航行。中国应在坚持领海无害通过制度“事先同意论”观点的基础上，依据《联合国海洋法公约》赋予沿海国制定外国船舶无害通过领海的法律和规章的职权，进一步修订完善与领海有关的国内法律制度，体现国家在领海内的立法、执法和司法管辖权，确保中国在领海内的主权、安全和海洋权益。

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